Отключать HA и DRS не нужно, проблем вроде быть не должно. Разве что действие "Host Isolation" выставить в "Leave Powered On".
Перенастройку HA стоит делать для тех хостов, которые "засветились" в Configuration Issues. Либо для всех, но тогда по очереди.
P.S. Если есть лицензия на vCenter5, лучше использовать его. Как минимум, новый HA-агент получите.